Via Mare: è possibile raggiungere panarea dal porto principale per le Isole Eolie che è Milazzo. La maggior parte delle corse, comunque, fanno cambio a Lipari. Gli altri porti da cui è possibile raggiungere Panarea sono, Messina, Reggio Calabria, Napoli e Palermo. Con gli aliscafi in inverno ci sono solo due corse giornaliere, mentre, nel periodo estivo e possibile raggiungerla con più corse giornaliere.
Dai porti di Palermo e Napoli è possibile prenotare i biglietti nave ed aliscafo.
Via Aerea: gli aereoporti più vicini per poter raggiungere panarea e più in generale le Isole Eolie sono quellidi Palermo (Punta Raisi), Catania e Reggio Calabria. Per collegare gli aereoporti al porto esistono servizi di autobus di linea e di transfert.
